石灰窒素併用の太陽熱土壌消毒が有効です。また専用薬剤の土壌処理を行いましょう。マリーゴールド等の対抗性植物を野菜の周りに風通しが悪くならないように植えたり、休耕時に植え付けるのも有効です（※根にこぶができる「根こぶ病」と間違えないよう注意しましょう。ネコブセンチュウはマメ状の小さなコブを根全体にたくさんつけますが、根こぶ病はショウガ状の大きめのものが現れます）。